粪菌移植可能被考虑作为艰难梭菌（Clostridioides difficile, C. diff）感染的一线治疗手段，基于一项随机、开放标签试验的非劣效性结果。
弗雷德里克·埃米尔·尤尔（Frederik Emil Juul）博士及其同事在《内科学年鉴》（Annals of Internal Medicine）上报告称，接受粪菌移植和口服万古霉素治疗的患者中，在60天内临床治愈且无复发的比例相似（分别为66.7%和61.2%，非劣效性P<0.001）。
“粪菌移植甚至比万古霉素显示出5.4%的数值优势，尽管这一差异没有统计学意义，但表明粪菌移植有潜力改变当前的抗生素治疗实践，并可能确立其为初次艰难梭菌感染的一线治疗方法。”作者写道。
虽然抗生素是治疗艰难梭菌感染的一线药物，但它们可能昂贵且会引起副作用，同时可能促进抗生素耐药性的产生。作者指出，减少抗生素使用的机会是理想的，特别是在10-20%的艰难梭菌感染患者在接受有效抗生素治疗后至少经历一次复发的情况下。
“关于Juul及其同事的研究，在设计和执行方面几乎没有可批评之处，除了它不是双盲研究这一点。”马萨诸塞州总医院的伊丽莎白·霍曼（Elizabeth Hohmann）博士在一篇附带的社论中写道。
“尽管Juul及其同事的研究中没有生活质量调查，但如果进行了这些调查，我怀疑粪菌移植组的生活质量可能会更高。”霍曼写道。“根据我的经验，人们在恢复肠道微生物群后感觉更好。”
然而，她承认目前美国食品药品监督管理局批准的粪菌移植选项既昂贵又不易获得。
“我们需要一种快速且廉价的测试来检测肠道失调（可能是基于肠道代谢组读数），这可以帮助我们在独立于艰难梭菌感染次数的情况下指导我们。”她写道。“我认为在美国，我们不会很快看到粪菌移植成为艰难梭菌感染的主要治疗方法，但粪菌移植应该仍然可用，并且有适当的来源提供经过仔细筛选的供体材料，用于护理和进一步研究影响肠道微生物群健康的许多疾病和治疗方法。”
这项III期试验招募了来自挪威20家医院的100名成年艰难梭菌感染患者，定义为腹泻并伴有阳性粪便检测结果，但过去一年内没有艰难梭菌感染史。如果患者有其他可能导致腹泻的病原体、正在接受其他感染的抗生素治疗、患有炎症性肠病或肠易激综合症、显微镜下结肠炎、严重免疫缺陷、怀孕或哺乳、中毒性巨结肠或肠梗阻，或者有全结肠切除术、回肠造口术或结肠造口术，则被排除在外。
参与者的中位年龄为70-71岁，约三分之一的患者病情严重，表现为发热、白细胞计数或肌酐水平异常。大多数参与者患有社区获得性艰难梭菌感染，并且在过去的3个月内大多接受过抗生素治疗。不同治疗组之间的年龄、性别、感染源、抗生素使用史、质子泵抑制剂使用、共病数量以及各种临床实验室指标没有显著差异。
51名患者通过灌肠接受了粪菌移植，而未使用任何抗生素；49名患者每天四次口服125毫克万古霉素，持续10天。主要终点是临床治愈，定义为在第14天时大便成型或每日排便少于三次，并且在随后的60天内没有疾病复发，仅使用指定的治疗方案。
在粪菌移植组中有11名患者（21.6%）需要额外治疗，而在万古霉素组中有4名患者（8.2%）需要额外治疗，额外治疗类型由主治医生决定。当包括需要额外治疗的患者时，粪菌移植组和抗生素组在第14天临床治愈且无复发的比例分别为78.4%和61.2%，差异为17.2个百分点（95.2% CI -0.7至35.1，非劣效性P<0.001）。
两组之间的不良事件发生率没有显著差异，且均未确定是由治疗引起的。在60天随访期间，每个治疗组中各有一名患者因艰难梭菌感染死亡。
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