服用抗生素常常会导致一系列副作用：例如便秘、腹泻和腹胀。这是因为抗生素旨在靶向致病细菌，但作为附带损害，它们也会杀死肠道中的其他细菌。然而，研究人员越来越发现，非抗生素类药物也会影响肠道微生物组。
最近的一项研究发现，既往用药——即使是多年前使用的药物——可能对肠道微生物组产生持久影响。这不仅适用于抗生素，也适用于许多非抗生素药物，包括抗抑郁药、质子泵抑制剂和β受体阻滞剂。这项发表在《mSystems》杂志上的新发现意味着，研究疾病与微生物组之间联系的研究人员应考虑既往用药情况。
奥利弗·阿塞梅茨使用计算生物学方法研究肠道微生物组。
该研究使用了爱沙尼亚微生物组队列的数据，该队列包括2,509名提供粪便样本的个体，结合记录参与者疾病状态和用药情况的国家电子健康档案。塔尔图大学的计算生物学家、该新论文的合著者奥利弗·阿塞梅茨表示，过去之所以没有进行此类研究，是因为"数据集通常没有长期用药的数据"。由于爱沙尼亚的电子健康档案包含自2004年以来多年的用药数据，研究人员能够梳理出肠道微生物组与当前用药、既往用药以及长期既往用药之间的联系。
在该研究评估的186种药物中，阿塞梅茨及其团队发现，在微生物组采样时服用的药物中有90%与微生物组组成相关。在这些药物中，研究人员接下来查看既往用药是否具有类似趋势。为此，研究人员比较了从未服用特定药物的参与者的微生物组与至少在提供粪便样本前一年服用该药物的参与者的微生物组。研究人员发现，42%的这些药物即使在一年多前服用，仍与微生物组变化相关。这些药物包括苯二氮䓬类衍生物、双胍类药物、质子泵抑制剂和抗抑郁药。在苯二氮䓬类药物和抗抑郁药等情况下，研究人员观察到，即使一个人最后一次使用该药物是在三年多前，微生物组也会发生变化。
虽然许多人长期服用这些类型的药物，但有些人服用时间较短，这让阿塞梅茨及其同事有机会查看既往用药是否有累积效应。为此，他们比较了服用某种药物时间较长的参与者与服用相同药物时间较短的参与者。对于苯二氮䓬类药物、抗抑郁药和蛋白泵抑制剂等药物，研究人员发现，反复长期使用与对微生物组的更大影响相关。
研究人员使用爱沙尼亚微生物组队列研究了药物对微生物组可能产生的四种影响。
研究人员使用328名参与者的子队列验证了他们的发现，这些参与者在大约四年后的中位时间提供了额外的粪便样本。通过这两个微生物组样本，研究人员可以观察开始新药物或停止用药如何影响微生物组。阿塞梅茨表示，尽管该子队列的数据帮助团队验证了大队列的结果，但它并不一定证明用药与微生物组变化之间的因果关系；然而，他认为因果关系极有可能存在。此外，他们注意到，当参与者停用某种药物时，对微生物组的即时影响（比长期影响更显著）会逆转。
由于许多研究寻找微生物组与特定疾病之间的联系，阿塞梅茨指出，看似疾病特异性的对微生物组的影响实际上可能是"隐藏的药物效应"，如果没有此类研究，研究人员无法调查这些效应。渥太华大学的肠道微生物组研究人员里亚德·哈马米（Riadh Hammami）没有参与这项研究，他表示这项工作"非常出色"，突出了药物作为混杂因素的重要性。他补充说，这是"我们需要利用的关键点"，因为过去许多研究——例如那些研究肠道微生物组与抑郁症之间关联的研究——没有将药物视为混杂因素。
这些发现对服药人群也可能具有现实意义。"我们还发现，对于一些实际上用于治疗相同疾病的药物，对微生物组的影响可能实际上相当不同，"阿塞梅茨说，他建议考虑微生物组的不同影响可能有助于将附带损害降至最低。"这是我们整个领域应该普遍研究的内容。"
肠道微生物组的长期影响可能看起来令人担忧，但停止必要的药物可能更有害。阿塞梅茨表示："人们绝对应该继续按照医生的处方服药。"
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