一项针对超过600万儿童的研究发现，在孕期或生命早期接触抗生素通常不会增加青少年期发展自身免疫性疾病的风险，但这种关联存在复杂性。
20世纪80年代，伦敦卫生与热带医学学院的大卫·斯特拉坎提出"卫生假说"——感染减少和环境清洁可能解释儿童过敏率上升。这推动了"早期微生物暴露可训练免疫系统"理论的发展，认为这种暴露能防止免疫系统对无害物质过度反应，从而减少过敏和自身免疫性疾病（如1型糖尿病、炎症性肠病和狼疮）的发生。
明斯特大学马丁·克里格教授指出，动物模型研究显示抗生素对肠道微生物组的调控会显著影响免疫力。例如2016年小鼠实验表明，生命早期重复使用抗生素使糖尿病易感小鼠的1型糖尿病发病率显著升高。但人类研究结果存在分歧：2023年1000万人数据显示抗生素使用者炎症性肠病风险增加40%，而2019年11万人研究发现类风湿性关节炎风险上升60%。
韩国成均馆大学崔恩英团队的最新研究追踪了260万孕期感染妇女及其子女，发现150万使用抗生素的孕妇所生子女中，孕期广谱抗生素使用与克罗恩病存在关联。另一组340万新生儿数据显示，出生两月内使用抗生素者桥本氏病风险增加30%。这显示不同抗生素类型和暴露时间窗可能产生差异化影响。
研究者强调，抗生素使用需权衡利弊。华盛顿特区美国妇产科医师学会的克里斯托弗·赞指出，孕期使用抗生素的益处通常大于风险，如尿路感染可能引发早产、低出生体重和败血症。值得关注的是，2018年研究发现抗生素治疗可阻止易感小鼠的自身免疫反应，显示特定情况下可能具有保护作用。
《PLOS医学》发表的研究结论表明，最新发现可为孕产妇及婴幼儿抗生素使用提供重要参考，但需注意肠道微生物组受多种因素影响，包括饮食等未被多数研究调整的变量。
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