肠道微生物组DNA提取试剂盒的可比性
- 格雷戈里·R·扬（Gregory R Young）¹
- 努鲁拉明·努尔（Nurulamin Noor）²³
¹ 纽卡斯尔大学转化与临床研究所，英国纽卡斯尔（泰恩河畔）
² 剑桥大学医院NHS基金会信托胃肠病学系，英国剑桥
³ 剑桥大学医学系，英国剑桥
⁴ 伦敦国王学院营养科学系，英国伦敦
⁵ 皇家德文和埃克塞特NHS基金会信托胃肠病学部，英国埃克塞特
⁶ 埃克塞特大学，英国埃克塞特
⁷ 牛津大学纳菲尔德医学系，英国牛津
⁸ 爱丁堡大学基因组与实验医学中心，英国爱丁堡
⁹ 伦敦帝国理工学院代谢系消化疾病科，英国伦敦
¹⁰ 牛津大学凯尼迪类风湿病学研究所，英国牛津
¹¹ 剑桥大学治疗免疫学与传染病研究所，英国剑桥
¹² 纽卡斯尔大学医学院转化与临床研究所，英国纽卡斯尔（泰恩河畔）
¹³ 纽卡斯尔医院NHS信托胃肠病学部，英国纽卡斯尔（泰恩河畔）
通讯作者：格雷戈里·R·扬博士；邮箱：greg.young@newcastle.ac.uk
本研究通过宏基因组测序表明，当控制其他方法学协变量时，不同DNA提取试剂盒对肠道微生物组组成的影响有限。在成对样本等分试样中，使用两种试剂盒提取后，微生物读数（Qiagen：中位数=2.63×10^7；四分位距=2.03×10^7–3.06×10^7，FastPrep：中位数=2.70×10^7；四分位距=2.43×10^7–3.01×10^7）（p=0.36）（图1A）或人类读数（Qiagen：中位数=2.04×10^4；四分位距=2.04×10^3–5.51×10^4，FastPrep：中位数=3.91×10^4；四分位距=4.00×10^3–7.21×10^4）（p=0.64）（图1B）均未观察到显著差异。
图1 不同DNA提取试剂盒的比较
脚注
- 协作成员：IBD-RESPONSE协作组成员包括巴德尔·阿卜杜拉（Badr Abdalla）、纳塔莉·阿吉乌斯（Natalie Agius）、塔里克·艾哈迈德（Tariq Ahmad）、黛比·亚历山大（Debbie Alexander）、艾玛·阿里（Emma Ali）、迪安·阿勒顿（Dean Allerton）、卡尔·安德森（Carl Anderson）、萨曼莎·贝利（Smantha Baillie）、乔治娜·贝茨（Georgina Bates）、伊恩·比尔斯（Ian Beales）、劳伦·贝克（Lauren Beck）、扎林·比基洪（Zareen Bheekhun）、简·比阿拉（Jane Biala）、乔纳森·布莱克韦尔（Jonathan Blackwell）、乔安妮·博恩（Joanne Bone）、西蒙·博格-巴托洛（Simon Borg-Bartolo）、路易丝·博拉斯（Louise Bowlas）、比尔亚娜·布雷齐娜（Biljana Brezina）、乔安妮·布鲁克斯-沃伯顿（Johanne Brooks-Warburton）、艾米·巴克利（Amy Buckley）、海伦·伯顿（Helen Burton）、杰弗里·巴特沃斯（Jeffrey Butterworth）、比阿特丽斯·卡梅塞拉·佩雷斯（Beatriz Camesella Perez）、杰德·奇肖姆（Jade Chisholm）、李·琼（Lee Choong）、贝西·奇普里亚诺（Bessie Cipriano）、托尼娅·克拉克（Tonia Clark）、索尼娅·科林斯（Sonya Collins）、瑞秋·库尼（Rachel Cooney）、杰西卡·科德（Jessica Cordle）、克里斯蒂娜·科托巴尔·马丁（Cristina Cotobal Martin）、J·R·卡明斯（JR Cummings）、阿约昆努米·达达（Ayokunnumi Dada）、海伦·达拉尔（Helen Dallal）、凯特·达塔（Kate Datta）、杰泽尔·德·古兹曼（Jiezel De Guzman）、胡安·德·拉·雷维利亚·内格罗（Juan de la Revilla Negro）、阿明达·德·席尔瓦（Aminda De Silva）、安詹·达尔（Anjan Dhar）、雷蒙克勒·迪亚兹（Raymoncler Diaz）、本杰明·迪斯尼（Benjamin Disney）、超楠·董（Chaonan Dong）、玛丽·杜纳（Mary Doona）、詹妮弗·多伊尔（Jennifer Doyle）、达尔马拉杰·杜赖（Dharmaraj Durai）、吉尔·埃法德（Jill Effard）、亚历山大·埃尔福德（Alexander Elford）、劳拉·法查尔（Laura Fachal）、弗朗切斯科·费拉罗（Francesco Ferraro）、玛丽·弗劳德韦（Mary Flowerdew）、斯蒂芬·福利（Stephen Foley）、凯瑟琳·弗里斯（Katherine Frith）、纳塔利娅·富米斯（Natalia Fumis）、汉娜·吉布森（Hannah Gibson）、扎伊琳·梅·吉科·皮奥斯（Zaireen Mae Gico Pios）、瑞秋·戈弗雷（Rachel Godfrey）、凯·古尔登（Kay Goulden）、尼图·戈里·达斯（Neethu Gouri Das）、玛丽·格林（Marie Green）、保罗·哈罗（Paul Harrow）、艾尔萨·哈特（Ailsa Hart）、菲利普·哈维（Philip Harvey）、维多利亚·希尔德雷斯（Victoria Hildreth）、汉娜·哈萨德（Hannah Husband）、彼得·欧文（Peter Irving）、凯瑟琳·雅克（Katherine Jacques）、劳伦·约翰（Lauren John）、海瑟·约翰逊（Heather Johnson）、玛丽·琼斯（Marie Jones）、卢克·乔斯廷斯-迪恩（Luke Jostins-Dean）、苏尼塔·朱利亚奥（Sunita Juliao）、尼古拉斯·肯尼迪（Nicholas Kennedy）、亚历山德拉·肯特（Alexandra Kent）、乌兹玛·汗（Uzma Khan）、安德鲁·金（Andrew King）、克拉尔特耶·科克（Klaartje Kok）、孔拉德·科斯（Konrad Koss）、亚斯敏·莱德勒（Yasmin Laidler）、克里斯托弗·兰姆（Christopher Lamb）、伊莎贝尔·拉兹拉克（Isabel Laszczak）、莎拉·劳伦斯（Sarah Lawrence）、艾玛·李（Emma Lee）、詹姆斯·李（James Lee）、艾瑞什·李（Irish Lee）、查理·利斯（Charlie Lees）、罗伯特·利斯（Robert Lees）、特雷弗·利德尔（Trevor Liddle）、吉米·林迪（Jimmy Limdi）、詹姆斯·林赛（James Lindsay）、登尼斯·洛佩兹（Dennies Lopez）、梅勒妮·拉夫（Melanie Love）、玛丽·卢卡斯（Mary Lucas）、汉娜·马布（Hannah Mabb）、萨德克·马拉斯（Sadek Malas）、朱利安·马切西（Julian Marchesi）、娜奥米·麦格雷戈（Naomi McGregor）、西蒙·麦克劳克林（Simon McLaughlin）、克莱尔·麦克奎林（Claire McQuillian）、海伦·米拉奇（Helen Millage）、伊宾耶·米尼马（Ibinye Minimah）、马修·莫里斯（Matthew Morris）、艾莉森·莫斯（Alison Moss）、罗伯特·马利根（Robert Mulligan）、伊莱恩·奥赖利（Elaine O’Reilly）、费利西亚·奥诺维兰（Felicia Onoviran）、德布拉·欧文斯（Debra Owens）、克里斯托弗·帕尔默-琼斯（Christopher Palmer-Jones）、西蒙·潘特（Simon Panter）、吉·帕克（Ji Park）、迈尔斯·帕克斯（Miles Parkes）、加雷斯·帕克斯（Gareth Parkes）、阿丽娜·帕斯卡乌（Alina Pascau）、奇拉格·帕特尔（Chirag Patel）、卡马尔·帕特尔（Kamal Patel）、莎莉·佩顿（Sally Payton）、米雷拉·佩特罗娃（Mirela Petrova）、贾莱莎·平尼（Jahleesha Pinney）、凯瑟琳·波特（Kathryn Potts）、尼克·鲍威尔（Nick Powell）、萨姆·波尔斯（Sam Powles）、基兰·普拉布（Kiran Prabhu）、娜塔莉·普雷斯科特（Natalie Prescott）、艾什林·奎因（Aisling Quinn）、爱德华多·金特罗（Eduardo Quintero）、阿贾苏拉杰·拉楚里（Ajaysuraj Rachuri）、钱德尼·拉迪亚（Chandni Radia）、莫尼拉·拉赫曼（Monira Rahman）、索海尔·拉赫马尼（Sohail Rahmany）、蒂姆·雷恩（Tim Raine）、普拉文·拉贾塞卡尔（Praveen Rajasekhar）、阿尔文德·拉马达斯（Arvind Ramadas）、克里希纳斯瓦米·拉曼（Krithivasan Raman）、露西亚·拉米雷斯·纳瓦罗（Lucia Ramirez Navarro）、帕里扎德·雷莫德（Parizade Raymode）、杰斯·雷科德（Jess Record）、梅德琳·理查森（Madeleine Richardson）、苏珊·里奇（Susan Ritchie）、弗朗切斯卡·罗莎（Francesca Rosa）、杰克·萨坦吉（Jack Satsangi）、约翰·桑德斯（John Saunders）、莉迪亚·斯卡利特（Lydia Scarlett）、沙吉·塞巴斯蒂安（Shaji Sebastian）、贾纳维·西马（Jahnavi Seema）、克里斯蒂安·塞林格（Christian Selinger）、克里希纳·沙阿（Krishna Shah）、阿尼塔·沙尔达（Anita Sharda）、穆罕默德·沙里普（Mohammed Sharip）、娜塔莉·谢尔兹（Natalie Shields）、帕梅拉·西蒙斯（Pamela Simmons）、奥利弗·斯科普（Oliver Skipper）、梅丽莎·史密斯（Melissa Smith）、艾利·斯皮特（Ally Speight）、艾伦·斯蒂尔（Alan Steel）、艾莉森·史蒂文斯（Alison Stephens）、克里斯托弗·斯图尔特（Christopher Stewart）、米歇尔·斯特里克兰（Michelle Strickland）、斯里达尔·苏布拉马尼亚姆（Sreedhar Subramanian）、艾莉森·塔尔博特（Alison Talbot）、约翰·托马斯（John Thomas）、瓦伦蒂娜·托斯卡（Valentina Toska）、阿尔特米斯·特里科拉（Artemis Trikola）、罗伯特·瓦利（Robert Varley）、阿贾伊·维尔马（Ajay Verma）、布西瓦·武耶莱莱·蒂奇马什（Busiswa Vuyelele Titchmarsh）、汉娜·沃森（Hannah Watson）、安德烈娅·韦伯斯特（Andrea Webster）、艾玛·韦斯利（Emma Wesley）、凯文·惠兰（Kevin Whelan）、西蒙娜·怀特奥克（Simone Whiteoak）、凯特·维斯坦斯（Kate Wistance）、露丝·伍德（Ruth Wood）、妮可拉·怀亚特（Nicola Wyatt）、伊凡·徐（Yifan Xu）、马克·永科（Mark Yongco）、格雷戈里·扬（Gregory Young）、路易丝-简·扬（Louise-Jane Young）。
- 作者贡献：本文所述实验由格雷戈里·R·扬（GRY）、M·P（MP）和C·A·L（CAL）设计。实验室工作由A·K（AK）在格雷戈里·R·扬（GRY）和C·A·L（CAL）指导下完成。努鲁拉明·努尔（NN）和M·T·S（MTS）提供相关元数据。本研究所选临床样本来自IBD-RESPONSE研究，该研究由C·A·L（CAL）、L·C·B（LCB）、C·S（CS）、M·P（MP）和J·M（JM）构思。格雷戈里·R·扬（GRY）在L·C·B（LCB）协助下进行信息学与统计分析。IBD-RESPONSE协作组负责样本及相关元数据收集。所有署名作者在提交前审阅并批准了本稿件。
- 资金支持：本工作由英国医学研究理事会（资助编号MR/T032162/1）、莉奥娜·M与哈里·B·赫尔姆斯利慈善信托基金（资助编号2002-04255）及克罗恩病与结肠炎英国组织（资助编号M2022-4）资助。格雷戈里·R·扬（GRY）和C·A·L（CAL）获得英国国家健康研究所纽卡斯尔分部支持，M·P（MP）获得英国国家健康研究所剑桥生物医学研究中心支持。J·M（JM）及消化疾病科获得英国国家健康研究所生物医学研究中心（位于帝国理工医疗NHS信托及帝国理工学院）财务支持。C·S（CS）获得惠康信托与皇家学会联合资助的西尔·亨利·戴尔研究员计划（资助编号221745/Z/20/Z）及2021年利斯特研究所奖研究员计划支持。L·J·D（LJ-D）获得惠康信托与皇家学会联合资助的西尔·亨利·戴尔研究员计划（资助编号208750/Z/17/Z）及凯尼迪类风湿病学研究信托基金支持。
- 免责声明：本文观点仅代表作者，不一定代表资助方、英国国家健康研究所或英国卫生与社会保健部。
- 利益冲突：无声明。
- 来源与同行评审：非约稿；内部同行评审。
- 补充材料：本内容由作者提供，未经BMJ出版集团有限公司审核，未经同行评审。任何观点或建议仅代表作者，未获BMJ认可。BMJ对依赖该内容产生的所有责任及后果概不负责。若内容含翻译材料，BMJ不保证翻译的准确性与可靠性（包括但不限于地方法规、临床指南、术语、药品名称及剂量），且对翻译及改编导致的错误或遗漏不承担责任。
【全文结束】
