摘要：肠道微生物群与COVID-19之间的联系已被确立，但口腔真菌微生物群在此背景下的作用仍未被充分探索。本研究旨在描述COVID-19康复者的口腔真菌微生物组特征。唾液样本采集自三组人群：接受抗生素治疗的COVID-19患者（第一组）、未接受抗菌治疗的COVID-19患者（第二组）以及来自克拉科夫大学医院和大学牙科诊所的健康志愿者（第三组）。样本通过靶向ITS-1区域的下一代测序技术进行分析。统计学上，在牙科指数（菌斑指数PI、探诊出血BOP、Winkel舌苔指数WTCI）方面，康复组（第一组和第二组）与对照组（第三组）之间存在显著差异。在门水平上，所有组都显示出显著的α多样性差异；在属水平上，所有测试指数的α多样性均具有统计学意义。β多样性分析显示，第一组和第二组在门或属水平上无显著差异（p > 0.05）。最丰富的属为念珠菌属和马拉色菌属，其中念珠菌属在第一组中占比88.11%，第二组为78.20%，第三组为45.81%。线性判别分析（LDA）表明，念珠菌属在第一组中过表达，而马拉色菌属在第二组中为特征标记。此外，对照组中曲霉属和青霉属的均匀度较高，而COVID-19康复者尤其是接受抗生素治疗的患者口腔状况较差，念珠菌过度生长与抗生素使用密切相关。
引言：口腔是许多病原体进入人体的重要途径，其健康状况会影响多种疾病的发生频率和表现形式，包括口腔内的疾病以及全身性疾病如血液病（白血病、贫血）、动脉粥样硬化、肺部感染、糖尿病、骨质疏松症和肾病。反复的牙龈炎症、牙周病及其他牙齿问题会激活宿主的炎症反应，导致慢性炎症状态不仅局限于口腔，还可能波及全身。慢性炎症可能导致口腔微生物组发生定性和定量的变化，这是人体内第二大微生物群落，仅次于肠道微生物组。
材料与方法：研究对象、牙科检查和样本采集：最初纳入60名参与者，其中60份唾液样本进行了测序，但由于嵌合读段的原因，有15份样本被排除。最终45份样本进行了生物信息学分析并纳入进一步研究。参与者分为三组：第一组——接受抗生素治疗的COVID-19康复者（n = 16），第二组——未接受抗生素治疗的COVID-19康复者（n = 17），第三组——未感染SARS-CoV-2病毒且未接受抗生素治疗的健康志愿者（对照组，n = 12）。研究时间为2021年6月至2022年2月。纳入标准为无系统性疾病，高血压除外。第一组和第二组患者此前因COVID-19住院治疗于克拉科夫大学医院创伤中心临时COVID-19病房。第三组志愿者招募自克拉科夫大学牙科诊所。第一组患者的治疗方案遵循波兰卫生部指南，主要采用头孢曲松（静脉注射2 g/12 h）。四个患者采取不同的治疗方案：两名仅用左氧氟沙星（静脉注射500 mg/12 h），一名用头孢曲松（静脉注射2 g/12 h）加环丙沙星（静脉注射400 mg/12 h），另一名用头孢曲松（静脉注射2 g/12 h）加左氧氟沙星（静脉注射500 mg/12 h）。治疗持续6至7天。无论是COVID-19患者还是对照志愿者，均未处方抗真菌药物。此外，第一组中一名患者（编号2812）和第二组中一名患者（编号2793）佩戴丙烯酸局部义齿。
结果：总体而言，45名患者（15名女性和30名男性，年龄26至77岁，平均±标准差：51.31 ± 14.26岁）被纳入分析。在性别（p = 0.886；卡方检验）、年龄（p = 0.316；ANOVA检验）和牙齿数量（p = 0.869）方面，各研究组之间匹配良好，这些参数无统计学显著差异。在牙科指数方面，比较第一组与第三组以及第二组与第三组时，PI（p < 0.001；ANOVA检验）、BOP指数（p < 0.001；ANOVA检验）和WTCI（p = 0.004；带Welch校正的ANOVA检验结果）均观察到统计学显著差异。关于DMFT，第一组与第三组相比具有统计学显著差异（p = 0.01；带Welch校正的ANOVA检验结果）。此外，舌型方面也观察到统计学显著差异（p = 0.001；Fisher精确检验）。第一组（56.3%）和第二组（47.1%）中，舌苔覆盖是最常见的现象，与对照组相比，第一组与第三组之间的差异显著（p = 0.001）。相反，正常舌型在第三组中最常见（91.7%），第一组与第三组及第二组与第三组之间的差异显著（p = 0.001）。
讨论：口腔状况与其常驻微生物群密切相关，其平衡或失衡可能导致各种疾病的发作。因此，保持口腔健康——包括软组织和牙齿——对于整体身体健康至关重要。早期研究表明，牙周袋为细菌和病毒种类丰富的微生物群提供了有利环境，这些微生物可能通过经常溃疡的袋上皮侵入组织。这可能使SARS-CoV-2病毒直接通过受损的上皮层进入体内，或通过增强血管紧张素转换酶2（ACE-2）受体的表达间接进入体内。在我们进行的研究中，感染SARS-CoV-2的人群的牙科指标（DMFT、PI、BOP、WTCI）值显著高于未感染病毒的人群。COVID-19康复者中升高的DMFT、PI和BOP指数反映了慢性结构性变化（如龋齿病变和牙齿附着丧失）以及增加的牙周炎症，这很可能归因于疾病的长期过程。我们的发现与先前的研究一致，即局部牙龈炎症可能促进SARS-CoV-2的早期和长期定植。然而，与之前的报告相反，我们没有观察到地理舌作为COVID-19特征表现的增加。此外，我们未发现舌形态类型与任何研究组中的真菌类型之间存在统计学显著相关性。本研究的一个关键方面是在COVID-19大流行期间进行的，需要严格遵守医院的卫生协议。在这种条件下进行牙科检查和收集样本是一项重大挑战，因为确保患者和检查员的安全同时维持最高标准的医疗实践是最重要的。与我们的研究相反，Larvine等人基于患者自我报告的结果（如牙龈出血、疼痛牙龈和松动牙齿）来诊断牙周病。Larvine等人假设疼痛和出血的牙龈与轻度至中度牙周病有关，而松动的牙齿则表示严重的牙周病。相比之下，未报告这些症状的参与者被归类为对照组，代表没有牙周病的个体。另一种评估SARS-CoV-2大流行期间口腔卫生和健康的方法是进行放射学检查。在对COVID-19患者进行牙科检查的团队中，DMFT、PI和BOP指数与我们的研究相当。在Costa等人的研究中，评估了住院患者的口腔健康状况和不良COVID-19结局，我们的研究结果相似（第一组DMFT指数=20.00±3.18，第二组DMFT=17.65±6.60）。此外，在Anand P等人的研究中，COVID-19患者与对照组相比，菌斑评分（0.77±0.50 vs. 0.29±0.30，p<0.001）和牙龈出血评分（0.62±0.24 vs. 0.29±0.20，p<0.001）均显著更高，这与我们对第一组和第二组的发现相似。
结论：LDA分析突显了念珠菌属在住院期间接受抗生素治疗的康复者中更为普遍。基于LDA分析，可以得出结论，抗生素使用促进了念珠菌的生长。这反过来强化了一个已知的事实，即抗生素的使用应基于怀疑混合病毒感染或继发于病毒感染的细菌感染来证明。基于LDA方法，我们识别出马拉色菌属作为未接受抗生素治疗的COVID-19康复者组的特征标记。患者微生物组分析表明，真菌与细菌之间可能存在联系及其相互影响，从而破坏COVID-19后的稳态和抗生素治疗的影响。这是另一个加强假说的论据，即微生物组动态地与宿主相互作用，其紊乱影响稳态。
(全文结束)
