肠道微生物组支持消化、免疫和代谢功能；其失衡（失调）会引发炎症和代谢功能障碍，导致糖尿病、心血管疾病、炎症性肠病和自身免疫性疾病等慢性疾病。药用植物提供多种植物化学物质（如多酚、黄酮类、生物碱、皂苷），这些物质到达结肠后与肠道微生物发生双向相互作用，充当潜在的微生物组调节剂和生物转化成生物活性代谢物的底物。本结构化叙事综述综合了过去10年PubMed、Scopus和Web of Science索引的同行评审研究证据，探讨药用植物在微生物组介导的慢性疾病调节中的作用。这些文献按照三个机制轴组织：(i) 微生物扰动，定义为相对于基线或健康参考状态可测量的微生物多样性或分类组成变化，同时包括有益菌群的富集；(ii) 微生物代谢产物输出的改变，特别是短链脂肪酸(SCFAs)和其他免疫代谢介质；(iii) 下游宿主代谢和免疫信号传导。与宽泛的描述性总结不同，本综述采用基于轴的机制框架组织文献，突出了关键的转化限制，如植物异质性、剂量/配方变异性以及微生物组终点标准化不一致等问题，这些问题必须解决才能加强人类证据和临床相关性。举例说明的微生物组介导过程涉及姜黄（姜黄素）、人参（人参皂苷）和绿茶（儿茶素）等植物，尽管证据强度因研究设计而异。未来进展需要标准化植物化学表征、微生物组分层试验，以及将多组学与人工智能分析相结合，以增强机制洞察、识别响应者并实现个性化的植物基微生物组疗法。
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