摘要
研究背景 重症SARS-CoV-2感染在急性期会导致口咽部和肠道微生物组紊乱，这种紊乱可能持续存在并促成新冠后急性肺部后遗症的发展。目前尚不清楚重症疾病后的菌群失调是否与长期肺功能损伤相关。
研究目的 确定口咽部和肠道微生物组组成与重症新冠后肺功能的关联性。
研究方法 对83名曾因重症新冠入住瑞士洛桑大学医院ICU的受试者（瑞士COVIDlung研究，NCT04581135），在出院后3个月、6个月和12个月采集口咽部（16S和ITS）及直肠（16S）拭子样本，进行16S核糖体RNA和内转录间隔区（ITS）扩增子测序。受试者接受了1-3次随访，期间进行肺功能检测以分析其与微生物组组成的关系。
测量指标与主要结果 患有新冠相关急性非心源性低氧血症性呼吸衰竭伴双侧肺浸润（AHRF-BLI）的受试者，其口咽微生物组表现为α多样性降低及特征性菌群丰度变化。肺功能完全恢复者（肺总量、用力肺活量、1秒用力呼气容积和一氧化碳弥散量均高于正常下限）的口咽部与肠道微生物组组成，与肺功能未恢复者存在显著差异。口咽样本的真菌分析显示存在三个特征性集群，其细菌-真菌共现模式与肺功能指标密切相关。
结论 本研究首次阐明呼吸道和肠道微生物组在重症SARS-CoV-2感染后长期肺部后遗症发展中的作用，为基于微生物组的重症新冠预防及治疗策略提供了潜在方向。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
资金声明
本研究由以下机构资助：Bourse Solis（S.V.S）、伯恩肺病基金会（M.F.C.）、Fondation Juchum、Fondation Placide Nicod（C.V.G）以及沃州肺病协会（S.V.S和N.D.U.）。所有资助方均提供研究经费，但未参与研究设计、实施或数据分析过程。
作者声明
确认已遵循所有相关伦理准则，并获得必要的IRB及伦理委员会批准。
研究经瑞士人类研究伦理委员会批准（KEK 2020-00799，标识符NCT04581135）。
确认已获取所有必要的患者/参与者知情同意，并归档适当机构表格，且任何患者/参与者/样本标识符均未被研究组外人员（如医院工作人员、患者或参与者本人）知晓，因此无法用于识别个人身份。
确认所有临床试验及其他前瞻性干预研究已在ICMJE认证注册平台（如ClinicalTrials.gov）注册，并提供试验注册ID。
确认已遵循所有适用的研究报告指南，包括相关EQUATOR Network研究报告清单及其他必要材料。
补充说明
- 本研究数据可根据合理请求向作者获取
- 本预印本版权归作者/资助方所有，已授权medRxiv永久展示，采用CC-BY-NC-ND 4.0国际许可协议
【全文结束】
