摘要
肠-肺轴描述了肠道和呼吸道黏膜系统通过微生物、代谢和免疫通路的相互作用，但针对肠道的疗法对上呼吸道(URT)菌群的系统性影响尚未得到充分探索。我们对接受粪便微生物移植(FMT)治疗复发性艰难梭菌感染(CDI)的成年患者及健康对照组进行了纵向研究。在基线(第0天)及FMT后第14天和第56天收集粪便、鼻腔和口腔样本。通过宏基因组鸟枪测序量化微生物多样性、分类组成和抗微生物耐药基因(ARGs)丰度。FMT与肠道微生物多样性增加相关，同时降低了通常被视为致病共生菌的关键肠道菌群水平，包括克雷伯菌属(*Klebsiella spp.)、大肠杆菌属(*Escherichia spp.)、志贺菌属(*Shigella spp.)和肺炎克雷伯菌(*Klebsiella pneumoniae)。在门水平上，粪便拟杆菌门(*Bacteroidota)增加，而毛霉门(*Mucoromycota)在治疗后减少。FMT后鼻腔微生物组变化包括丰富度和多样性降低、莫拉菌属(*Moraxella)扩张，以及与呼吸道定植相关的菌群减少，包括金黄色葡萄球菌(*Staphylococcus aureus)和肺炎链球菌(*Streptococcus pneumoniae)。到第56天，鼻腔菌群部分恢复至健康状态。基线鼻腔ARG丰度在FMT后下降，特别是β-内酰胺类、氨基糖苷类和氟喹诺酮类耐药基因，并在第56天与健康对照组相当。相比之下，口腔微生物组和口腔耐药组保持相对稳定，仅有轻微波动，且未观察到与呼吸道致病共生菌相关的菌群一致增加。总之，FMT与肠道以外的广泛影响相关，包括上呼吸道微生物生态和抗微生物耐药谱的变化。这些发现一致地证明了肠-肺微生物相互作用，将肠道动态变化与呼吸道微生物组成及抗微生物耐药模式联系起来。
利益冲突声明
作者声明无利益冲突。
资助信息声明
本研究获得以下资助：
美国国立卫生研究院(Ruth L. Kirschstein国家研究服务奖，T32HL105321)
HCI国家癌症研究所癌症中心
美国国立卫生研究院国家转化科学促进中心
美国国立卫生研究院共享仪器设备资助(S10OD034321, S10OD021644)
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