1. 过敏反应
虽然燕麦不是美国最常见的食物过敏原，但仍存在致敏可能。对燕麦过敏者饮用后可能出现皮肤红疹、瘙痒等反应。极少数情况下可能引发危及生命的过敏性反应，表现为呼吸困难。部分人可能对燕麦奶中的添加剂（如黄原胶）过敏，导致消化系统问题。
2. 腹胀与消化不良
燕麦对大多数人而言易于消化，具有缓解胃酸反流和提供益生元（促进肠道有益菌生长的营养素）的益处。但其高纤维含量可能使部分敏感人群出现腹胀症状。
乳糜泻患者（对麸质过敏者）可能对燕麦中类似麸质的蛋白质燕麦蛋白产生反应。部分燕麦奶添加的乳化剂可能破坏肠道有益菌群，抵消燕麦益处并引发消化不适。目前尚需更多研究验证乳化剂对肠道的长期影响。
3. 添加糖的健康隐患
部分厂商会在燕麦奶中添加糖分，可能引发体重增加、牙齿问题，增加2型糖尿病和心血管疾病风险。美国心脏协会建议添加糖摄入量应控制在每日总热量的6%以内（成人女性约25克/日，男性约36克/日）。建议查看营养标签确认产品含糖量。
4. 碳水化合物摄入过量影响
高碳水化合物饮食可能导致体重增加、疲劳及注意力下降。燕麦奶碳水含量较高（主要为复合碳水化合物），其升糖指数（GI值49-69）和升糖负荷（GL值12-17）均属中等水平。相较而言，全脂牛奶的GI值约31，GL值约3。实际血糖影响取决于饮用量及搭配食物。
5. 无意接触麸质或大豆
燕麦本身不含麸质，但加工设备可能接触含麸质产品导致交叉污染。同样存在大豆污染风险。建议选择通过无麸质认证的产品，避免摄入意外污染物。
6. 添加成分的健康风险
部分品牌燕麦奶含植物油、食盐、增稠剂等添加剂。磷酸二钾（稳定剂）可能加重肾脏疾病患者骨质疏松和心脏病风险。特殊饮食需求者应仔细阅读成分表。
7. 婴儿营养失衡风险
12个月以下婴儿不宜饮用燕麦奶，其蛋白质含量低于牛奶且脂肪含量不足。添加糖及其它成分亦不适合婴幼儿。1岁以上儿童可饮用但不能完全替代牛奶，建议综合考量品牌成分、儿童健康状况及整体膳食结构。
饮用建议
燕麦奶富含膳食纤维、低脂肪并含多种维生素，可添加钙、维生素D强化营养。对燕麦耐受者可常规饮用，但需注意其蛋白质和钙含量低于牛奶。均衡膳食仍是健康关键，建议根据个人营养需求选择饮品。
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