美国消费的油脂中超过一半是大豆油，但研究表明这种成分可能导致肠道菌群变化、肠壁变薄及溃疡性结肠炎等问题。
在《肠道微生物》(Gut Microbes)杂志发表的一项研究中，加州大学河滨分校的研究人员让小鼠摄入高大豆油饮食长达24周。随后，他们测量了动物肠道微生物组的紊乱情况——有益细菌减少，而有害细菌增加，包括粘附侵入性大肠杆菌。这种类型的大肠杆菌已被证明与人类炎症性肠病有关。
加州大学河滨分校的研究人员写道："大豆油目前是美国消费最多的烹饪油，也是世界第二大食用油，其消费量的增加与人类炎症性肠病发病率的上升同步。"
研究人员重点关注了大豆油中的主要脂肪酸——亚油酸，发现过量的亚油酸会在肠道中引起问题。亚油酸是一种必需脂肪酸，意味着它不能在体内产生，而是从食物中获取。加州大学河滨分校研究员Poonamjot Deol在接受《科学科技日报》(SciTechDaily)采访时说，虽然人们需要从脂肪中摄入1%至2%的亚油酸，但普通美国饮食中8%至10%的亚油酸来自大豆油。
研究人员发现，有害的大肠杆菌以亚油酸为食，而过量的亚油酸会导致一些有益细菌死亡。过量的亚油酸还使肠壁更加多孔，允许毒素和微生物渗入血液，引发炎症。
作为一种不饱和植物油，大豆油通常被视为比来自动物产品的饱和脂肪更健康，但Deol和他的同事们表示这个问题更为复杂。
毒理学家Frances Sladek在接受《科学科技日报》采访时说："由于研究表明饱和脂肪可能不健康，人们便假设所有不饱和脂肪都是健康的。但不饱和脂肪有不同的类型，其中一些对健康有益。例如，鱼油这种不饱和脂肪以其许多有益健康的效果而闻名。因此，人们认为大豆油绝对安全，并且比其他类型的油更健康，而实际上并未像我们所做的那样进行直接比较。"
研究人员表示，虽然玉米油中的亚油酸含量与大豆油相似，但橄榄油中的亚油酸含量要低得多，并且有良好的健康记录。鳄梨油和椰子油的亚油酸含量同样较低。
发表在《科学报告》(Scientific Reports)杂志上的相关研究比较了椰子油、大豆油以及一种经改良降低亚油酸含量的大豆油产品，以评估它们对小鼠的影响。他们发现，未经改良的大豆油在与新陈代谢、免疫功能、肠道屏障健康、炎症和微生物组相互作用相关的基因上造成了更多干扰，这支持了过量亚油酸可能是重要因素的观点。
发表在《脂质研究杂志》(Journal of Lipid Research)上的第三项实验，通过测量氧脂，专注于大豆油与肥胖的关系。氧脂是身体处理亚油酸时产生的化合物。没有摄入大豆油的小鼠相关氧脂水平较低，体重增加较少，并且不太可能发展为葡萄糖不耐受或脂肪肝疾病。
大豆油的中性风味、低成本和在大规模食品生产中的多功能性使其成为比大多数人意识到的更常见的成分，但专家建议避免加工食品、检查标签并使用空气炸锅，后者使用很少的油就能达到类似的效果。
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