本研究通过系统追踪军用犬出生队列的早期发育阶段，揭示了肠道微生物群在生长过程中与环境暴露相关的动态变化。研究团队在军用犬训练中心的受控环境中，利用16S rRNA扩增子测序结合粪肠球菌（Enterococcus faecalis）分子流行病学分析，解析了微生物群的时空演变规律。
研究方法与发现
研究团队对三组同窝幼犬（共27只）的四个生长阶段（哺乳期、断奶期、过渡期、幼犬期）进行了微生物群多样性与分类组成分析。结果显示：
- 微生物群在早期生长阶段快速变化，至幼犬期趋于稳定，这表现为同窝组间分类组成的相似性增加
- 粪肠球菌株共享比例随年龄增长显著上升，共鉴定出9种簇类型，其中I、II、IX型在哺乳期占主导
- 随着共享环境暴露增加，I型簇逐渐在所有群体中占据主导地位
- 在动态变化中保留下5种核心微生物属：拟杆菌属、消化链球菌属、梭杆菌属、乳酸杆菌属和瘤胃球菌属
环境控制下的微生物群稳定性
研究采用独特的受控环境模型：军用犬在出生和成长过程中与外界环境完全隔离，个体饮食和居住条件差异极小。这种实验设计有效排除了混杂因素，为解析微生物群动态提供了理想模型。
粪肠球菌的株系动力学
通过rep-PCR分析81株粪肠球菌发现：
- 哺乳期存在5种不同基因型（I, II, IV, VII, IX）
- 随生长发育，基因型多样性下降（香农指数从4.3038降至1.7796）
- 环境暴露增加促进优势菌株（I型簇）在群体间的传播
营养干预对微生物群的影响
不同阶段的商用饮食（哺乳期：母乳；断奶期：母乳+幼犬粮；过渡期和幼犬期：不同配方幼犬粮）显著影响微生物群组成：
- 哺乳期乳酸菌相对丰度最高（17.99%）
- 过渡期（8周龄）和幼犬期（14周龄）出现两次显著下降
- 特别是链球菌属、肠球菌属和双歧杆菌属在哺乳（11.15%）和断奶期（5.83%）的丰度显著高于过渡（0.95%）和幼犬期（0.55%）
病毒感染对微生物群的影响
B组军用犬在13周龄突发犬细小病毒（CPV-2）感染并接受抗生素治疗，提供了研究微生物群恢复力的自然实验：
- 高剂量感染组（CPV-high）在感染后1周α多样性显著下降
- 低剂量组（CPV-low）在感染8周后出现多样性降低
- 28周龄时，CPV-low组微生物群α/β多样性及分类组成恢复至对照组水平
- 感染显著改变分类组成：假单胞菌门相对丰度上升，而具核梭杆菌属、瘤胃球菌属减少
功能预测分析
通过PICRUSt2预测微生物群功能变化：
- 哺乳/断奶阶段：以肽聚糖生物合成、蛋白源氨基酸合成和糖降解为主
- 过渡/幼犬阶段：脂肪酸生物合成、脂多糖生物合成和维生素辅因子生物合成功能增强
- 短链脂肪酸生产相关菌群（普雷沃氏菌科、瘤胃球菌科）丰度随发育显著增加
重要结论
- 犬类肠道微生物群在14周龄达到稳定状态，表现为α多样性平台期和β多样性分散度降低
- 饮食变化对微生物群多样性的影响大于居住环境变化
- 粪肠球菌株共享模式反映微生物群稳定过程中新菌株的引入和淘汰
- 抗生素治疗后微生物群的恢复力证实了已建立微生物群的弹性
- 关键菌群（拟杆菌、短链脂肪酸生产菌）的建立为预防感染和调节免疫提供基础
本研究首次在受控环境下整合16S rRNA测序与粪肠球菌分子流行病学，系统解析了军用犬早期发育阶段的微生物群动态。这些发现为军犬健康管理、肠道疾病预防及益生菌干预提供了科学依据。
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