全野生饮食触发肠道微生物改造，促进降解纤维菌群增长，并重塑生态系统，即使恢复常规饮食后仍存在持续性改变
研究标题：《仅食用野生食物引发肠道微生物群大规模部分持久性改变》。图片来源：CI Photos / Shutterstock
近期发表于《科学报告》期刊的研究中，研究人员探索了纯野生饮食对现代人类肠道微生物群（GM）组成、结构及变化持久性的影响。
背景
当我们停止摄入栽培或加工食物会发生什么？许多城市人群摄取的高糖低纤维工业化饮食可能破坏肠道微生物群平衡。相较之下，食用富含纤维、加工度低的"传统"饮食人群往往具有更高微生物多样性，这与更强免疫力和更低炎症水平相关。既往研究已证实饮食改变可重塑肠道微生物群，但多数研究局限于驯化食物为基础的工业化饮食。由于早期人类依赖野生食物，研究该模式可为人类进化生物学提供重要洞见，但仍需更多人群验证。
研究方法
野生vs市售肉类：膳食包含低脂野生猎物如鹿肉和深海鱼，其脂肪谱与驯养肉类存在差异，成为微妙的微生物群移位驱动力
一名46岁健康男性受试者遵循为期8周的自主监测饮食方案，分为三个阶段：2周常规饮食、4周纯野生食物饮食、2周恢复常规饮食。
研究者采集北欧秋季可获取的野生食物，采用原始烹饪技术（如明火烹制和研磨石器）进行加工。受试者维持原有生活方式居家生活，以隔离其他变量影响。其具备丰富觅食能力，每日监测健康状况并精确记录所有食物摄入。
每日收集粪便样本于-20°C保存。提取微生物DNA后，使用Illumina MiSeq平台对16S rRNA基因V3-V4区域进行测序。通过DADA2算法确定扩增子序列变异体（ASVs），并采用SILVA数据库进行分类。物种水平分析使用GEM目录，利用Kendall相关性构建共丰度网络并在Cytoscape中可视化关键分类群。功能预测采用PICRUSt2和KEGG正交分析。对比分析包括狩猎采集者、农村和城市工业化人群微生物群。
统计分析采用Kruskal-Wallis和Wilcoxon秩和检验，通过Benjamini-Hochberg程序（错误发现率≤0.05）进行多重检验校正。
研究结果
原始制备与现代折中：虽然多数食物采用明火烹制或石器加工，但研究特许使用绞肉机，突显现代便利技术对饮食实验设计的影响
在纯野生饮食期间，受试者肠道微生物群呈现结构和多样性显著变化。初期微生物群以拟杆菌科、瘤胃球菌科和双歧杆菌科等典型西方菌群为主导。
随着野生饮食开始，这些菌群减少，同时毛螺旋菌科、丁酸弧菌科和链球菌科丰度增加。值得注意的是，双歧杆菌科和理研菌科在恢复常规饮食后未完全恢复至基线水平。黏蛋白阿克曼菌（Akkermansia muciniphila）在野生饮食结束后显著增加，该发现与代谢益处相关。
野生饮食还导致显著体重下降（4周减重4公斤），首周降幅最大。受试者报告食物选择受限导致热量摄入减少，恢复常规饮食后迅速反弹2公斤。体重下降部分归因于热量限制和食物单调性。
微生物α多样性从野生饮食前至野生饮食期再到恢复期呈现渐进式增加（P<0.05），表明干预对微生物群结构具有持久影响。关键物种发生转移：干预前以普氏粪杆菌（Faecalibacterium prausnitzii）为核心，野生期则以具有降解纤维和产生短链脂肪酸能力的布劳特菌属（Blautia）及其关联菌群为主导。
鉴定出6个微生物共丰度组（CAGs），根据饮食阶段重组，提示生态系统功能再组装。普氏粪杆菌、双环小杆菌（Ruminococcus bicirculans）和布劳特菌属在不同时期成为关键影响者。恢复期呈现中间态配置，部分特征回归基线，但某些布劳特菌属和伴生柯普氏菌（Coprococcus comes）组群持续存在，反映干预的长期影响。
意外的解毒效应：从原农田采集的植物可能引入能分解残留除草剂（如阿特拉津）的微生物，暗示肠道的非预期"训练"
尽管发生显著转变，未检测到新出现或祖先"老朋友"菌群如密螺旋体属（Treponema）或普雷沃氏菌属（Prevotella）。变化仅由现有菌群丰度转移驱动，未引入新物种。该发现提示在缺乏额外环境暴露时，重大饮食改变可能不足以恢复已丢失的祖先微生物。
功能预测显示，野生饮食期淀粉降解和氨基酸生物合成能力增强，可能响应含高栗子和橡果、低动物蛋白的饮食。同时发现阿特拉津等环境化学物质降解能力增强，可能反映接触来自前农业用地的野生植物。
相较于纯植物性或纯动物性饮食干预，野生食物引起的微生物群转变幅度更大。β多样性测量显示，野生饮食引发的转变超过纯植物或纯动物饮食干预，但微生物群未完全趋近传统或狩猎采集人群。其演化为受可用菌群和饮食输入影响的独特组成。恢复期呈现中间态，兼具前野生期和野生期特征。
部分微生物配置在干预后持续存在，特别是布劳特菌属网络未完全消退，表明某些肠道生态系统改变可超越饮食本身。
然而该研究为单人样本，结论可能缺乏普遍性。受试者在野生饮食期间情绪变化及其特定遗传和饮食史的潜在影响尚待探索。
结论
缺失的微量元素与微生物博弈：野生饮食缺乏乳制品和鸡蛋与肠道微生物增加苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生产相关，这些氨基酸通常来自动物产品
综上，该研究揭示完全采用非驯化野生食物可引发人体肠道微生物群重大重组。虽然未引入新菌群，但现有微生物的组成和功能发生显著转变，增加布劳特菌属等纤维降解菌，减少双歧杆菌等乳制品关联菌。
这些微生物变化在恢复常规饮食后持续存在，突显微生物群的适应能力。尽管未恢复密螺旋体等祖先菌群提示完全重建传统微生物群的局限性，但该实验验证了饮食在现代环境下重塑肠道健康中的强大影响力。
需进一步研究验证这些微生物变化在更大和更多样化人群中的代谢和免疫后果。
Journal reference:
- Rampelli, S., Pomstra, D., Barone, M. et al. Consumption of only wild foods induces large scale, partially persistent alterations to the gut microbiome. Sci Rep (2025), DOI: 10.1038/s41598-025-00319-5
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