爱尔兰高威大学的研究人员创建了世界上最大的数字微生物集合——近二十五万个计算机模型，旨在革新我们对人体微生物组及其对健康影响的理解。
这项研究专注于细菌微生物组——生活在我们体内和体表的细菌群落。研究团队创建了名为APOLLO的集合，其中包含247,092个高级计算机模型，每个模型代表了这些群落中一个独特微生物的独特代谢过程。
这个前所未有的数据库将使科学家能够通过软件研究微生物如何在人体内发挥作用并与健康和疾病相互作用，从而加速新的健康发现，而这些发现原本仅依赖于使用活体生物进行的繁琐实验。
APOLLO涵盖了多个大洲、年龄组和身体部位，是迄今为止创建的最大规模的人类微生物组计算模型集合。该研究项目基于团队过去十年的经验，从早期的AGORA（数百个微生物）和AGORA2（数千个微生物）世代发展而来。
研究团队还基于真实样本创建了14,451个个体微生物组社区的计算机模拟，揭示了微生物代谢如何因身体部位、年龄和健康状况而异。APOLLO模拟还预测了与克罗恩病、帕金森病和儿童营养不良相关的关键粪便代谢物——这些见解可能有助于塑造未来的诊断和治疗策略。
该工作由高威大学数字代谢孪生中心的一组科学家完成，由APC微生物组爱尔兰研究中心（Research Ireland微生物社区研究中心，由科克大学主办）的主要研究员伊内斯·蒂勒教授领导。
蒂勒教授的研究团队利用计算建模技术推进精准医疗。
APOLLO将如何造福社会：
- 改善诊断：通过识别微生物代谢标记，APOLLO可以帮助开发非侵入性诊断工具，实现更早、更准确的诊断。
- 个性化治疗：模拟可以预测个体的微生物组与其饮食、药物和健康状况之间的相互作用。这可能导致优化肠道健康和改善对治疗反应的个性化治疗方案。
- 药物开发和益生菌：有可能设计针对特定疾病的靶向益生菌、益生元和基于微生物组的疗法。
- 公共卫生洞察：通过包括多样化的微生物组，APOLLO提供了全球视角，帮助解决现代生活方式对微生物组健康的影响。这些知识将指导公共卫生政策，如抗生素使用、饮食和疾病预防。
项目科学家西里尔·廷内斯博士表示：“APOLLO标志着在全球范围内个性化微生物组建模的重大里程碑。我们的微生物组在消化、免疫功能和整体健康方面发挥着至关重要的作用。研究这些微生物对于理解它们如何影响各种条件至关重要，从肠道健康到神经系统疾病，并开发新的诊断工具、治疗方法和个性化医疗解决方案。”
蒂勒教授说：“人类微生物组是健康和疾病中的重要参与者，与宿主动态互动。要理解这些复杂的相互作用需要尖端技术。我们的研究集成了微生物和人类的数字模型，使我们能够以前所未有的细节探索微生物组在健康中的作用。APOLLO进一步创新，将微生物组社区纳入其中，现在可以在全球范围内实现个性化。在过去十年中，我们从单一通用人类模型发展到详细考虑性别、生理和各个器官的模型。同样，我们从几个微生物的模型扩展到涵盖数十万个微生物的模型。这些模型还可以结合饮食习惯和健康状况的信息，帮助生成可测试的假设和个性化的健康建议。APOLLO是迈向数字孪生赋能精准医疗的重要一步，使我们更接近为全球个人量身定制健康解决方案。”
参考文献：Heinken A, Hulshof TO, Nap B 等。涵盖多个大洲、年龄组和身体部位的247,092种多样化人类微生物的基因组规模代谢重建资源。cels。2025。doi:10.1016/j.cels.2025.101196
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