你认为药物发现很慢吗？这家生物技术公司正在以更快、更智能和更深的方式推进——提出了其他人未曾问过的问题。
药物发现通常推动我们对事物理解的边界。ProFound Therapeutics首席执行官兼Flagship Pioneering首席执行官合伙人John Lepore医学博士，通过重新定义我们寻找新药的地方和方式，进一步挑战了这一领域。
Lepore说：“我越来越被吸引去理解疾病的分子水平基础生物学——‘为什么’——以及我们如何利用科学来为患者创造更好的药物。” 在GSK工作了近二十年后，他担任研究主管，离开去大胆地迈入未知领域：扩展的人类蛋白质组。
在ProFound，Lepore带领一个团队研究生物学中最少探索的前沿之一——扩展的蛋白质组。他们的研究核心既简单又具有潜在变革性：更多的基因组可能被翻译成蛋白质，这比之前所认识到的要多。数以万计以前未知的蛋白质，隐藏在显而易见的地方，可能掌握着新一代精准药物的关键。
细胞世界的高科技望远镜
ProFound Therapeutics的核心是其ProFoundry™平台。该平台由RiboSeq、多组学和先进的AI/ML驱动，能够捕捉人类细胞内蛋白质翻译的实时快照。结果呢？对生物学的动态视角远远超过传统的发现模型。
Lepore解释道：“RiboSeq技术为我们提供了细胞内所有正在翻译的蛋白质的动态、实时快照。” 这使得团队能够识别以前未标注的蛋白质，并从多个生物学维度进行研究——从结构到功能，从RNA表达到遗传关联。
机器学习的整合使团队能够在任何实验室工作开始之前预测哪些新蛋白质最有可能在疾病中发挥关键作用。这种方法通过将实验努力集中在数据表明最具潜力影响的地方，加速了发现过程。
“这与历史上一次研究一个蛋白质的方法形成对比，” Lepore说。相反，ProFound优先考虑最有前途的候选者，将湿实验室资源应用在计算洞察力显示最重要的地方。
科学与战略的交汇点
发现数以万计的新蛋白质带来了确定优先级的明显挑战。
他说：“我们专注于研究那些最有可能对患者产生重大影响的蛋白质。” 通过将已知的基因突变映射到这些新蛋白质上，ProFound可以识别出那些与疾病有明确关联的蛋白质——大大增加了针对它们可能导致突破性疗法的可能性。
Lepore解释说：“针对这些新发现且经过基因验证的蛋白质的药物有望大大提高对患者产生变革性治疗效果的概率。”
从理论到治疗
这种方法已经在关键治疗领域提供了有希望的见解。Lepore强调了在肿瘤学、免疫学和代谢疾病方面的早期强劲进展，ProFound已经识别出具有重大治疗潜力的新细胞因子、跨膜肿瘤抗原和分泌的代谢调节剂。
大公司们也注意到了这一点。2024年6月，ProFound与辉瑞（Pfizer）和先锋药物（Pioneering Medicines）达成了里程碑式的合作伙伴关系，利用其平台对抗肥胖症——源自扩展蛋白质组学中尚未开发的生物学。
尽管下一代技术具有强大威力，但发现规模仍然是一项挑战。随着数千种新蛋白质的识别——每一种都具有潜在的治疗价值——关键任务是确定哪些最值得深入研究。
Lepore说：“我们通过使用先进的计算方法和机器学习分析我们的庞大数据库解决了这个问题。”
明天会怎样？
那么，Lepore如何看待这一切在未来五到十年的发展？他说，人工智能和机器学习才刚刚起步。
“今天，它们已经在帮助我们筛选庞大的生物数据集，识别人类可能错过的信息模式，并生成新的假设，” Lepore解释道。但前景更为广阔。
他指出AlphaFold在蛋白质结构预测方面的影响，预示着即将发生的事情。“随着工具的成熟，我们将看到计算预测与实验验证之间的更多整合，” 他说。结果是什么？从数据到药物的进程更快、更智能、更有信心。
而且ProFound已经准备好了。凭借其精心策划的、可搜索的且与基因锚定的数据集，该公司理想地定位为搭乘AI浪潮进入下一代治疗。
谈及精准医学，Lepore不仅看到了潜力，还看到了必然性。今天的广谱药物常常无法击中标记，特别是对于慢性阻塞性肺病或心力衰竭等慢性疾病。这些不是单一的病症，而是由多种分子机制驱动的综合征。
他说：“精准医学的承诺是识别这些离散机制，开发专门针对每一个的药物，然后将每种分子上不同的药物施用于相应的患者亚群。”
但这里有一个问题：许多这些疾病背后的分子机制仍然是个谜。但这正是ProFound旨在解决的问题。
Lepore说：“我们相信我们正在识别的新蛋白质将揭示理解疾病分子基础的许多‘缺失环节’。” 这意味着更有针对性的疗法、更高的疗效和更好的患者结果。真正的个性化医疗，而不是仅仅营销。
从好奇到治愈
归根结底是一种深刻的人类动机。Lepore不仅仅是追逐下一个突破；他的整个职业生涯，从诊所到董事会，都是为了帮助人们。
他说：“在我的职业生涯中，我一直寻找机会，能够应用我的技能和精力对患者产生最大的影响。”
现在，在ProFound，他正在引导一家可能真正重新定义药物发现意义的公司。
通过揭示数千个以前隐藏的蛋白质，他正在重新定义人类蛋白质组的范围，使精准医学的承诺触手可及——始终把患者放在核心位置。
“在ProFound，我们在这个愿景上取得了惊人的进展，并期待为患者开创这个更光明的未来。” 说实话？他们真的有可能做到。
认识John Lepore
John Lepore是ProFound Therapeutics的首席执行官，同时也是Flagship Pioneering的首席执行官合伙人，他在那里领导努力利用扩展的人类蛋白质组来识别新的蛋白质治疗药物和药物靶点。
他在GSK工作了17年后加入了ProFound，最近担任高级副总裁兼研究主管。在GSK，他领导全球研发团队，跨越多个治疗领域，应用免疫学、遗传学和技术的进步于药物发现和早期开发。在工业界职业之前，Lepore博士是宾夕法尼亚大学的教职成员和执业心脏病专家。
他拥有斯克兰顿大学的生物学学位，并从哈佛医学院获得医学博士学位。他在麻萨诸塞州总医院和哈佛公共卫生学院接受培训。
Lepore博士曾在多个科学和行业董事会任职，目前担任ProFound Therapeutics、KSQ Therapeutics和Mass General Brigham创新增长委员会的董事。
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