研究人员描述了李斯特菌测序在澳大利亚各州推广后，整体周转时间的减少。一项发表在《新发传染病》杂志上的研究中，科学家们评估了在全国李斯特菌单核细胞增生基因组监测系统实施去中心化测序前后的周转时间。他们发现，从样本采集到发布全国基因组监测报告的中位时间从32天减少到26天，尽管2022年和2023年的样本数量翻了一番。
在澳大利亚，侵袭性李斯特菌病记录在国家可通报疾病监测系统（NNDSS）中。公共卫生监测由OzFoodNet管理，这是全国食源性疾病监测网络。
2010年，建立了国家加强李斯特菌监测系统（NELSS），以收集病例的流行病学数据和分离株的分子实验室数据。位于维多利亚州微生物诊断公共健康实验室（MDU PHL）的国家李斯特菌参考实验室（NLRL）被委托提供所有转介的李斯特菌单核细胞增生样本的全国分子特征。2015年7月，NLRL开始对所有转介样本进行常规全基因组测序（WGS），并在为期12个月的试验后，成为首选的分型方法。
澳大利亚的八个辖区负责自己的公共卫生活动，包括病原体基因组学。MDU PHL继续为维多利亚州进行WGS。昆士兰州、新南威尔士州、南澳大利亚州和西澳大利亚州在2018年至2023年间负责李斯特菌单核细胞增生的WGS。北领地、澳大利亚首都领地和塔斯马尼亚仍然将样本转介给NLRL。
李斯特菌病通知和相关阳性食品及环境样本被送往每个州的公共卫生实验室（PHL）进行确认，然后PHL将序列或分离株转介给NLRL进行基因组分析。
初始周转时间增加
该研究包括2016年至2023年间转介给NLRL进行测序的所有李斯特菌单核细胞增生样本以及PHL转介的李斯特菌单核细胞增生序列。通过使用包括样本采集日期、测序日期和NLRL发布基因组报告日期的数据来评估基因组监测系统的及时性。
在2016年至2023年间，澳大利亚有545例李斯特菌病，每年的感染人数从43到89不等。研究人员在研究中包括了来自508个病例的543个序列。还包括了418个从食品中培养的李斯特菌序列和243个环境样本。及时性分析包括1,165个样本。新南威尔士州和维多利亚州的样本占数据集的65%。
科学家们发现，在新冠大流行前的改进模式中，2020年和2021年的周转时间相比前几年显著增加，但在2022年和2023年有所减少。基因组数据可用性的及时性从2016年的中位数32天减少到2023年的26天。尽管样本数量增加，2022年和2023年的总体中位端到端处理时间较低。
对于以前的分析方法，2010年至2013年间从通知到NELSS数据可用性的中位时间为50天。
维多利亚州保持了24至27天的中位周转时间。新南威尔士州的时间变化较大，从24天到42天，上限较高，达到60至70天。昆士兰州、南澳大利亚州和西澳大利亚州在从转介分离株改为转介序列数据后，周转时间立即增加。
研究结果表明，在建立去中心化测序过程中，数据可用性可能会出现延迟，但随着能力的成熟，这些中断可以得到解决。
主要观察到的延迟是在将序列转介给NLRL的过程中。研究人员表示，这可能是由于过渡与新冠大流行同时发生，或者由于转介软件和流程的变异性。
“我们认为我们报告的减少与自动化机器人工作流程用于WGS的能力和使用增加有关；在新冠大流行期间加速建立了强大的WGS能力；用电子数据传输取代了物理样本运输步骤，以及潜在的批量样本快递运输。”科学家们说。
虽然WGS提高了检测和表征疫情的能力，但其在减少病例数量方面的有效性取决于公共卫生行动、有效控制持续污染源以及食品安全协议和合规性的改进。
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