德克萨斯儿童医院神经学研究所(NRI)和贝勒医学院的研究人员在基因组聚合数据库(gnomAD)中开发了一种强大的新工具，旨在提升基因检测的准确性——这项突破对全球患者诊断与诊疗实践具有直接意义。
该研究发表于《自然·通讯》，采用名为局部祖源推断(LAI)的方法，通过将基因组分解为特定祖源的片段，更精准地解析基因差异。
贝勒医学院分子与人类遗传学系助理教授、德克萨斯儿童医院神经学研究所首席研究员伊丽莎白·阿特金森博士表示："这项研究更新了我们的基因组资源，以更全面反映基因变异谱系。通过优化混血人群的等位基因频率估算，我们能提高基因诊断准确性并降低误分类风险——最终惠及所有背景的患者。"
题为《通过局部祖源推断改进gnomAD中的等位基因频率》的研究代表了基因检测与个性化医疗领域的重要进展。阿特金森博士担任该研究高级作者，普拉加蒂·科尔(Pragati Kore)和迈克尔·威尔逊(Michael Wilson)为共同第一作者。
基因检测是疾病诊断的有力工具。若基因变异在普通人群中普遍存在，其良性可能性更高。然而，多数人群频率估算基于大群体平均值。对于基因背景包含多洲祖源的个体（如gnomAD中归类为非裔/非裔美国人或拉丁裔/混血美洲人的群体），这种整体分析法会掩盖其祖源成分间的显著差异。
阿特金森团队应用局部祖源推断(LAI)解决该问题：不再将基因组视为整体，而是将其拆解为追溯至不同洲际祖源（如非洲、欧洲或美洲原住民）的片段，继而计算各变异在每段祖源中的出现频率。该方法揭示，许多被全球数据判定为稀有的变异，实则在特定祖源背景中相当普遍。
阿特金森博士强调："这些差异绝非学术问题，它们具有临床实质影响。"
研究发现，在非裔/非裔美国人和拉丁裔/混血美洲人群体中，超80%的基因位点在至少一个祖源特异性片段中的频率高于既往报告。某些案例中，该频率甚至超过美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)界定的良性变异临床阈值，从而推动对可能被误判变异的精准再分类。
此类祖源特异性数据现已通过gnomAD向全球研究者、临床医生及基因检测实验室公开，为解读基因变异提供更精确的工具。
阿特金森博士总结道："祖源构成复杂，简单标签化患者并非最准诊断方式。本研究推动我们对祖源进行更精细的考量。"
更多信息：普拉加蒂·科尔等人，《通过局部祖源推断改进gnomAD中的等位基因频率》，《自然·通讯》(2025)。DOI: 10.1038/s41467-025-63340-2
期刊信息：《自然·通讯》
由德克萨斯儿童医院提供
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