肠道微生物群在人体生理学中扮演着关键角色。描述其结构和功能对健康和疾病具有重要意义，影响着营养与肥胖、脑功能、过敏反应、免疫系统、炎症性肠病、肠易激综合征、癌症发展、心脏疾病、肝脏疾病等多个方面。
《肠道微生物》为期刊呈现和讨论肠道微生物各方面的前沿研究提供平台。该期刊尤其关注机制研究和因果效应研究。
《肠道微生物》同时也是《肠道微生物报告》的官方配套期刊，《肠道微生物报告》更侧重于新兴主题以及比较性和渐进性研究。
《肠道微生物》专注于发表具有较高关注度、影响力、原创性或重要性，并能推动该领域发展的文章。该期刊不考虑负面结果、验证性研究或无效研究。
《肠道微生物》不接受孟德尔随机化研究、公共数据库或数据库挖掘研究、文献计量学研究、中医研究或计算机模拟研究。生物信息学或组学研究的作者被建议向姐妹期刊《肠道微生物报告》投稿。
《肠道微生物》汇集了在以下领域工作的多学科科学家：
- 肠道微生物群分析
- 胃肠道疾病：机制、宿主防御、诊断、流行病学
- 宿主-病原体相互作用，包括肠道疾病和细菌致病性
- 群体感应和毒性
- 益生菌和益生元
- 新型治疗方法和临床试验
- 肠道微生物群在健康和疾病中的作用
《肠道微生物》接受以下类型的文章发表：研究文章、综述文章、快速通讯、数据笔记、文章评论（包括创意评论）、会议报告和社论（仅限编辑和客座顾问）。
*请注意，《肠道微生物》从第12卷（2020年）起已转为完全开放获取期刊。印刷ISSN已不再使用，因为该期刊不再出版印刷版。
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