微生物群将在未来5-10年内成为现实的诊断和治疗工具。一篇发表在《细胞》杂志上的“信息性”文章由医生撰写，旨在告知临床医生一系列基于微生物组的有价值的诊断和治疗应用即将到来，并缩小基础研究人员和临床医生之间的沟通差距，这正在减缓其实施。
天主教圣心大学胃肠病学研究员兼杰梅利综合医院胃肠科主任Gianluca Ianiro博士解释说：“我们认为是时候对微生物组的可能临床应用进行盘点了。尽管有大量的微生物组研究和研究，但临床应用仍然非常少，有时不完全正统，有时‘原始’。但这将很快改变，因为微生物组是精准医学的完美目标，针对每个人且根据生活事件和饮食而变化。”
那么为什么它还没有在临床实践中应用呢？Gemelli IRCCS基金会胃肠病学部UOC的Serena Porcari博士解释说：“存在一系列挑战或‘刹车’。”首先是生物学上的：由于肠道微生物组的异质性和复杂性，很难确定微生物组组成与疾病之间的因果关系。其次是方法论上的：微生物组的临床研究很复杂，因为它们必须在其设计中考虑饮食、用药和环境影响；还缺乏标准化的分析协议。第三是后勤上的：缺乏大规模多中心研究，因为该领域的大多数证据来自个别中心进行的小样本学术研究（资金也很稀缺）。临床医生和基础科学家之间的沟通很少。最后一个“障碍”是文化上的：大多数医生对微生物组的有限熟悉阻碍了研究数据的临床应用。
然而，迄今为止取得的结果表明，微生物群在未来5-10年内将有诊断和治疗应用的前景（尤其是在诊断方面）。
天主教圣心大学医学院院长、内科学教授Antonio Gasbarrini教授解释说：“首先，微生物群可以用作早期疾病的生物标志物；在这方面，迄今为止最有说服力的研究是关于结肠癌的。或者它可以用来预测治疗反应（例如肿瘤学中的免疫疗法），或者微生物群可以用于溃疡性结肠炎和克罗恩病的鉴别诊断。”
在治疗方面，我们有几个方向。一是粪便移植，这种方法越来越精细，正朝着微生物联合体（一种选定微生物的混合物，已用于艰难梭菌结肠炎的治疗）发展。另一个有前途的方向是噬菌体，这些病毒定植于致病细菌并摧毁它们（“溶菌”噬菌体）；最后，还有益生菌的工程改造（生产或携带有益化合物）。
天主教圣心大学胃肠病学教授兼A. Gemelli IRCC胃肠病学部UOC主任Giovanni Cammarota教授说：“我们可以通过各种可能的行动加快微生物组在临床实践中的使用。”通过标准化不同实验室之间的微生物群测试和报告；改进临床试验的设计；细化试验的理论依据（通过基础研究理解机制，并在此研究结果的基础上建立临床试验）；连接研究界和临床医生，提供培训并促进跨学科合作。
Ianiro博士透露：“第一个进入临床的将是结肠癌筛查测试，该测试可以为那些除了粪便隐血试验（FIT, Fecal Immunochemical Test）阳性外，还具有特定类型微生物群的人指导结肠镜检查的指示。”另一种即将出现的测试是预测癌症患者对免疫疗法的反应（迄今为止最可靠的数据是关于肺癌和黑色素瘤）。在治疗方面，除了已经确立的用于艰难梭菌结肠炎的微生物群移植外，下一个应用将是根除多重耐药（MDR）细菌，如克雷伯氏菌在肠道感染中或在它们造成损害之前（例如，在等待器官移植的患者中）。下一个前沿将是利用微生物群增强肿瘤学中免疫疗法的作用。
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