将微生物组科学引入日常临床护理
本文总结了微生物组研究及其未来可能的临床应用结果，并为医生提供了指导。基础研究与临床研究之间需要更多沟通，以加速这一宝贵工具在患者床边的应用。微生物组有许多可能的诊断和治疗应用：从对抗抗生素耐药性到结肠癌筛查、预测免疫疗法反应以及增强其在抗癌中的效果。
微生物组在诊断和治疗方面的应用将在未来5-10年内成为现实。这是一篇发表在《细胞》杂志上的“信息性”文章，由医生写给医生，旨在告知临床医生一系列基于微生物组的有价值的诊断和治疗应用即将实现，并弥合基础研究人员与临床医生之间的沟通差距，这种差距正在减缓其实施。
我们认为现在是时候盘点一下微生物组可能的临床应用了。尽管有大量的微生物组研究和研究，但临床应用仍然非常少，有时并不完全正统，有时甚至有些“原始”。但这种情况很快就会改变，因为微生物组是精准医疗的完美目标，每个人都是特定的，其组成会根据生活事件和饮食发生变化。
天主教大学胃肠病学研究员兼杰梅利IRCCS综合诊所胃肠病科主任Gianluca Ianiro博士
那么为什么还没有在临床实践中应用呢？“因为存在一系列挑战，‘刹车’”，Gemelli IRCCS基金会胃肠病科UOC成员Serena Porcari博士解释道。第一个问题是生物学上的：由于肠道微生物组的异质性和复杂性，很难确定微生物组组成与疾病之间的因果关系。第二个问题是方法论上的：微生物组的临床研究很复杂，因为在设计时必须考虑饮食、用药和环境影响；此外，还缺乏标准化的分析协议。第三个问题是后勤方面的：由于该领域的大多数证据来自单个中心进行的小样本学术研究（资金也很稀缺），因此缺乏大规模多中心研究。临床医生与基础科学家之间的沟通也很少。最后一个“障碍”是文化上的：大多数医生对微生物组的有限熟悉度阻碍了研究数据的临床应用。
然而，迄今为止取得的结果表明，在未来5-10年内，微生物组在诊断和治疗方面都有前景（尤其是在诊断方面）。
天主教圣心大学医学院院长、内科教授Antonio Gasbarrini教授，同时也是Gemelli IRCCS大学综合诊所内科和胃肠病科主任及消化系统疾病中心（CEMAD）主任解释说：“首先，微生物群可以用作早期疾病的生物标志物；在这方面，迄今为止最令人信服的研究是关于结肠癌的。或者它可以用来预测治疗反应（例如，在肿瘤学中的免疫疗法），或者微生物群可以用于溃疡性结肠炎和克罗恩病之间的鉴别诊断。”
在治疗方面，我们有多个方向。一个是粪便移植，这种方法越来越精细，正在向微生物联合体（一种精选微生物的混合物，已经用于治疗艰难梭菌性结肠炎）发展。另一个有前途的方向是噬菌体，这些病毒定植于致病细菌并摧毁它们（“裂解”噬菌体）；最后，还有益生菌的工程化（生产或携带有益化合物）。
天主教大学胃肠病学教授兼A. Gemelli IRCC胃肠病科主任Giovanni Cammarota教授说：“我们可以通过各种可能的行动来加快微生物组在临床实践中的应用。”通过标准化不同实验室之间微生物群测试的研究和报告；改进临床试验的设计；完善试验的理论基础（通过基础研究理解机制，并在此基础上构建临床试验）；连接研究界与临床医生，提供培训并促进跨学科合作。
Ianiro博士透露：“首先在临床上出现的将是结肠癌筛查测试，该测试可以指导那些除了粪便隐血试验（FIT, 粪便免疫化学试验）呈阳性外，还具有特定类型微生物群的人进行结肠镜检查。”另一种即将到来的测试是预测癌症患者对免疫疗法的反应（迄今为止最坚实的数据是在肺癌和黑色素瘤中获得的）。在治疗方面，除了已建立的艰难梭菌性结肠炎的微生物群移植指征外，下一步的应用将是根除多重耐药（MDR）细菌，如肠道感染或在造成损害之前（例如在等待器官移植的患者中）的克雷伯氏菌。下一个前沿将是利用微生物群增强肿瘤学中免疫疗法的作用。
来源：
天主教圣心大学
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