在未来5至10年内，微生物群在诊断和治疗中的应用将成为现实。这一结论来自一篇发表在《细胞》杂志上的“信息性”文章，该文由医生撰写，旨在向临床医生传达一系列基于微生物组的有价值的诊断和治疗应用即将问世，并弥合基础研究人员与临床医生之间的沟通鸿沟，从而加快这些应用的实施。
天主教大学胃肠病学研究员、杰梅利IRCCS综合医院胃肠科主任詹卢卡·伊阿尼罗（Gianluca Ianiro）博士解释说：“我们认为是时候对微生物组可能的临床应用进行盘点了。”
“尽管关于微生物组的研究和研究数量巨大，但临床应用仍然非常少，有时并不完全正统，有时还很‘原始’。但这种情况很快就会改变，因为微生物组是精准医疗的完美目标，它针对每个人的具体情况，其组成会因生活事件和饮食而变化。”
那么，为什么还没有在临床实践中应用呢？杰梅利IRCCS综合医院胃肠科UOC的塞尔娜·波尔卡里（Serena Porcari）博士解释说，这是由于一系列挑战或“刹车”。
首先是生物学方面的：由于肠道微生物组的异质性和复杂性，很难确定微生物组组成与疾病之间的因果关系。
其次是方法学方面的：关于微生物组的临床研究很复杂，因为它们必须在设计中考虑饮食、用药和环境影响；此外，缺乏标准化的分析协议。
第三是后勤方面的：缺乏大规模多中心研究，因为这个领域的大部分证据来自个别中心进行的学术研究，样本量较小（资金也较少）。临床医生和基础科学家之间的沟通也很少。
最后是文化方面的障碍：大多数医生对微生物组的了解有限，这阻碍了研究数据的临床应用。
然而，迄今为止取得的结果表明，在未来5至10年内，特别是在诊断方面，微生物群的诊断和治疗应用前景广阔。
圣心天主教大学医学院院长、内科教授、杰梅利IRCCS综合医院内科和胃肠科主任、消化系统疾病中心（CEMAD）主任安东尼奥·加斯巴里尼（Antonio Gasbarrini）教授解释说：“首先，微生物群可以用作早期疾病的生物标志物；在这方面，迄今为止最令人信服的研究是关于结肠癌的研究。”
“或者，它可以用于预测治疗反应（例如肿瘤学中的免疫疗法），或者用于溃疡性结肠炎和克罗恩病的鉴别诊断。”
“在治疗方面，我们有几个方向。一个是粪便移植，这种方法越来越精细，正在朝着微生物联合体（一种精选微生物的混合物，已用于艰难梭菌结肠炎的治疗）的方向发展。”
“另一个有前景的方向是噬菌体，这种病毒可以定植于致病细菌并摧毁它们（裂解噬菌体）；最后，还有益生菌的工程化（生产或携带有益化合物）。”
天主教大学胃肠病学教授、A.杰梅利IRCCS胃肠科UOC主任乔瓦尼·卡马罗塔（Giovanni Cammarota）教授表示，“我们可以通过各种可能的行动加速微生物组在临床实践中的应用。”
通过标准化从一个实验室到另一个实验室的微生物群测试和报告；改进临床试验的设计；细化试验的理论依据（通过基础研究理解机制，并在此基础上构建临床试验）；连接研究界和临床医生界，提供培训并促进跨学科合作。
伊阿尼罗博士透露：“首先在临床上出现的将是结肠癌筛查测试，该测试可以指导除粪便隐血试验（FIT，粪便免疫化学试验）阳性外，具有特定类型微生物群的人进行结肠镜检查。”
另一个即将出现的测试是预测癌症患者对免疫疗法的反应（迄今为止获得的最坚实的数据是关于肺癌和黑色素瘤）。在治疗方面，除了已经建立的用于艰难梭菌结肠炎的微生物群移植指征外，下一步的应用将是根除多重耐药（MDR）细菌，如克雷伯氏菌在肠道感染中或在它们造成损害之前（例如在等待器官移植的患者中）。
下一个前沿将是利用微生物群增强肿瘤学中的免疫疗法效果。
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