肠道微生物群支持消化、免疫和肠道屏障健康，在炎症性肠病(IBD)等疾病中，微生物群的改变很常见。虽然粪便微生物群移植和膳食纤维可以帮助恢复平衡，但结果因捐赠者而异。
目前，在《Med》杂志发表的一篇评论中，澳大利亚卡拉汉纽卡斯尔大学的Emily Hoedt和Nicholas Talley认为，炎症性肠病的有效治疗需要结合定制化捐赠者、微生物群分析和饮食的方法。他们表示："要取得进展，我们必须采用更加细致、个性化的治疗方法。"
由于肠道微生物的紊乱在炎症性肠病（包括溃疡性结肠炎和克罗恩病）中很常见，旨在恢复微生物群的疗法受到了越来越多的关注。粪便微生物群移植已显示出前景，特别是在溃疡性结肠炎方面，但反应仍然各不相同，成功似乎取决于捐赠者的特征。
饮食，特别是纤维摄入，被认为支持微生物恢复，但临床结果不一致。虽然某些纤维可以促进有益细菌如普拉氏粪杆菌(Faecalibacterium prausnitzii)的生长，但许多患者并未改善甚至症状恶化。
作者表示，这些混合结果表明，仅微生物的存在可能不足以治疗疾病，而肠道微生物群的功能能力（如降解膳食纤维的能力）可能至关重要。然而，他们补充说，"对食物成分如何影响疾病活动的机制理解有限。"
微生物功能
最近的研究表明，基于微生物群的成功疗法不仅取决于引入有益微生物，还取决于恢复微生物功能。纤维补充剂可能适得其反，如果接受者的微生物群缺乏降解它的酶或将其转化为炎症代谢物，而不是改善所有患者的预后。
作者强调，当移植的微生物积极产生保护性代谢物（如短链脂肪酸）并与宿主免疫系统适当相互作用时，会产生有益的临床效果。这表明匹配捐赠者和接受者很重要。
除了细菌之外，真菌和病毒也可能影响结果，这表明对于治疗成功而言，微生物组成本身不如微生物功能和宿主-微生物相互作用重要。
持续缓解
作者表示，支持有益微生物同时限制炎症可以提高基于微生物群疗法的有效性。他们补充说，未来，更大规模的研究对于确定响应者并指导精准营养至关重要。
Hoedt和Talley总结道，基于微生物群的疗法（如粪便微生物群移植）无法通过一刀切的方法进行优化。作者表示，炎症性肠病和相关疾病的长期缓解可能依赖于结合捐赠者选择、微生物群分析和定制化饮食的个性化策略。
他们补充说："这将需要微生物学、营养学、免疫学和临床医学的跨学科合作。只有这样，我们才能充分释放基于微生物组疗法的潜力，并为慢性胃肠道疾病患者实现持久缓解。"
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