彼得·约翰斯顿（Pete Johnston）是一名博士生和传染病医生，由惠康信托利物浦临床博士项目资助，该项目关注全球南方的健康优先事项。他在马拉维首都布兰太尔的马拉维利物浦惠康项目进行研究，同时还在女王伊丽莎白中央医院担任医师。
我是如何成为专注于沙门氏菌疾病全球健康研究员的
作为一名医学生，我在赞比亚的一个乡村医院工作。我深受那些本可以通过更多资源预防的悲剧的影响。几年后，我作为一名合格的医生返回，但很快意识到个人的努力影响有限。需要大规模实施基于证据的干预措施，例如艾滋病的标准化治疗。这激发了我对全球健康研究的热情。
我回到英国接受传染病专科培训，并结合学术临床研究员的身份。这一双重临床和学术角色使我能够开展与伤寒相关的项目。伤寒是由沙门氏菌引起的，是这种“家族”细菌导致的几种人类疾病之一。在我的博士奖学金期间，我对侵袭性非伤寒沙门氏菌病（iNTS）产生了兴趣，这是一种在非洲脆弱儿童中常见的致命血液感染。获得惠康资助的利物浦临床博士项目的名额后，我前往马拉维，在一个流行地区研究这种疾病。
为什么要研究侵袭性非伤寒沙门氏菌？
非伤寒沙门氏菌（NTS）是非洲社区发病血液感染的最常见原因。受影响的主要是幼儿，每五名发展为侵袭性感染的患者中就有一人死亡。
在非洲以外，NTS感染通常会导致肠胃不适，而不是败血症。非洲的不同之处在于，NTS已经找到了逃避肠道免疫防御的方法。此外，许多非洲人由于疟疾、艾滋病、营养不良和镰状细胞病等原因，免疫防御力较弱。
我的研究目标是什么？为什么它很重要？
为了引起侵袭性疾病，NTS细菌必须进入易感者的肠道。当这种情况发生时，称为肠内NTS疾病（eNTS）。很可能反复暴露于NTS细菌（通过多次eNTS发作）会导致对侵袭性疾病的自然保护。因此，部署iNTS控制策略（如疫苗和卫生措施）必须基于对NTS细菌传播和由此产生的eNTS发作的理解。
我的研究旨在定义NTS传播和免疫的关键方面：eNTS发作的频率及其导致的二次感染；NTS细菌在粪便中的持续排泄时间；eNTS患者是否出现症状；以及哪些风险因素使感染更易发生。我还研究了eNTS发作对免疫系统的影响，包括不常与侵袭性疾病相关的沙门氏菌是否可能通过其相似的表面蛋白生成自然保护。
我将如何发现这些？
我的研究招募了在名为恩迪兰德的非正式定居点随机选择的家庭。我的研究团队随访每个家庭的每一位成员。我们从参与者那里收集了血液、粪便和鼻拭子样本。我们测试了粪便和鼻拭子中的NTS细菌，并测试了血液样本中的抗NTS细菌抗体。我们每隔一天回访一次家庭，至少持续四周。这使我们能够实时追踪eNTS发作的发生（及免疫反应的发展）。
下一步是对我们培养的细菌进行DNA测序。这将告诉我们每个家庭内部是否传递了相同的菌株，并预测该菌株表面的蛋白质（可能影响参与者的抗体反应）。我们还使用高度敏感的PCR测试检查是否有额外的沙门氏菌阳性个体未被单独培养检测到。令人兴奋的是，我们可以使用低多样性宏基因组测序拼接PCR阳性但培养阴性的样本的DNA序列。通过将这些数据与临床症状和免疫反应相结合，我们将提供前所未有的见解，了解NTS如何传播——最终，如何预防侵袭性感染。
下一步是什么？
这项研究的数据将在未来几年提供工作和见解，但目前我已经在构想下一个项目。作为自己设计的研究的主要调查员是一段无法形容的充实经历，每一个障碍和成就都提供了成长的机会。在接下来的几年里，我将利用我在基因组学和传播建模方面的知识，领导研究，揭示更多关于耐药微生物如何传播以及如何控制它们的信息。
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