单细胞项目中被分析的细胞数量不断突破极限。上周,陈扎克伯格倡议(Chan Zuckerberg Initiative,CZI)启动了十亿细胞项目——一项旨在生成前所未有的十亿细胞数据集的努力,以推动AI模型在生物学领域的快速发展。CZI将与10x Genomics、Ultima Genomics以及研究人员合作开展该项目。
CZI细胞科学高级项目官员Jonah Cool博士表示:“CZI的十亿细胞项目展示了合作的力量,使以前难以想象的大量单细胞数据可供研究人员使用,这将有助于我们更清晰地理解支撑人类健康和疾病的生物学基础,同时加快AI与生物学交叉领域的进展。”他补充道:“生物学不仅需要更多数据——该领域需要更快地获取更多兼容格式的数据,以支持解决特定问题的AI模型,而这个项目代表了一种独特的方法,用于扩展和标准化科学成果以支持AI及更多领域。”
项目完成后,单细胞数据集将为生物学的多个领域带来新的数据和分辨率,例如绘制多种细胞类型和组织中的遗传扰动图谱。十亿细胞项目贡献的数据规模和一致性将比以往努力更具连贯性,这将使研究人员能够训练AI模型,在精准医学和功能基因组学方面取得新发现。
来自十亿细胞项目的数据显示,CZI计算系统将用于训练新的虚拟细胞模型,从而从庞大的数据集中获得更深入的见解。作为其致力于开放科学的一部分,以加速研究并使科学更加包容,CZI计划将该计划的结果开源并免费提供给世界各地的科学家,帮助他们对人类生物学做出新发现。
CZI将与单细胞领域的首批专家和创新生命科学技术开发商合作。这一合作优先考虑跨多样化生物领域的数据生成,初始数据集包括小鼠、斑马鱼和初级人类细胞模型等生物体。这些数据将立即为研究人员提供关于跨生物体基因调控和功能以及与疾病研究直接相关的见解。
项目合作者、Gladstone-UCSF基因组免疫学研究所主任Alexander Marson博士指出:“该项目将提供必要的数据规模,以了解人类遗传变异的功能影响,并表征人类疾病的遗传驱动因素。”他补充说:“最终,十亿细胞项目还将成为药物开发的功能路线图,确定恢复患病细胞健康的靶点。”
该合作将使用10x Genomics的Chromium GEM-X技术进行单细胞分析。测序将在Ultima Genomics开发的超高通量下一代测序(NGS)平台UG 100上进行。UG 100独特的晶圆基测序架构使其适用于大规模组学应用和大规模基因组数据生成。
Ultima Genomics创始人兼首席执行官Gilad Almogy博士表示:“我们的使命是不断提高基因组信息的规模并降低成本,UG 100平台通过实现大规模数据组学集的高通量生成,帮助实现这一愿景。”他补充道:“像十亿细胞项目这样的举措展示了我们创新的测序架构与新兴的人工智能和机器学习进步相结合所带来的变革性研究方法,这将加速科学发现并加深我们对生物学复杂性的理解。”
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